L’Autorité de Régulation s’articule autour d’un Conseil National de Régulation et de directions opérationnelles placées sous l’autorité du Président du Conseil.

 Le Conseil est composé de cinq (5) membres nommés par décisions, conformément aux dispositions de l’article 28 de la loi 2001-18 du 25 janvier 2001 :
- trois (3) membres sont nommés par décision du Président de la République ;
- un (1) membre est nommé par le Président du Sénat ;
- un (1) membre est nommé par le Président de l’Assemblée Nationale.

En application de l’article 27 de la loi susvisée, le Conseil National de Régulation a adopté un organigramme visant à établir  les bases de l’organisation administrative de l’Institution et à fixer, de façon précise, les missions attachées à chaque niveau de responsabilité dans cette organisation.

 Les Directions opérationnelles de l’Autorité sont structurées autour de départements, subdivisés en services.
  
La Direction des Télécommunications et de la Poste comprend trois (3) départements et neuf (9) services.

La Direction de l’Electricité et de l’Eau couvre trois(3) départements et six (6) services.

La Direction Administrative et Financière se compose de trois (3) départements, 10 services et une cellule.

L'organigramme définit les missions des Directions aussi bien que celles des départements et services.

Au niveau de la Direction Electricité Eau, les missions sont définies de manière commune pour les départements Electricité et Eau en raison de la similitude de leurs attributions.

dans cet organigramme, un département et trois cellules autonomes rattachés au Président :
- le département chargé des Nouvelles Technologies de l’Information et de la Communication (NTIC);
- la cellule chargée des rapports avec les usagers des services régulés ;
- la cellule chargée du suivi des Consultants;
- la cellule chargée du secrétariat du CNR.

Par ailleurs, et en cas de besoin, des cellules et sections pourront, respectivement, être créées au sein des directions et services.

la mise en place de cet organigramme complète le dispositif institutionnel prévu par la loi, et qui a déjà pris corps avec l’élaboration du Statut du Personnel, le Règlement Intérieur et le projet de Manuel de Procédures, en cours d’achèvement.